平成16年3月に「学校教育法」、「薬剤師法」が改正され、平成18年から薬剤師養成を目的とする薬学教育が6年制に移行しました。「学校教育法」の改正に際しては、（国会）附帯決議として「長期実務実習のための指導者及び施設の確保」、「共用試験の導入」、「第三者評価体制の整備」が求められました。

薬学6年制についての本格的な取組みを進めることを目的として、平成16年6月、日本薬学会に薬学教育改革大学人会議が設置されました。また、当時、国公私立の全薬科大学・薬学部が一堂に会して薬学教育改革の合意を得る組織が存在しなかったため、全国薬科大学長・薬学部長会議が設置されました。

共用試験については、医学部・歯学部が先行していましたので、共用試験実施機構（現在の（社）医療系大学間共用試験実施評価機構）から、基本的コンセプト、CBT問題作成・出題やOSCE実施などについて情報提供を戴き、さらに同機構への薬学共用試験の組み入れの可能性について検討されました。しかしながら、平成17年春に、薬学系大学・学部が独自にシステム構築を行うことが決定されました。

これを受けて、CBTとOSCEの実施の具体化が議論され、コンピューターシステムの検討・開発等の課題に対する検討が始まり、日本薬学会・薬学教育改革大学人会議が中心となってCBT問題作成・管理およびOSCEトライアルが動き出しました。このような状況の中、平成18年1月の全国薬科大学長・薬学部長会議において、「薬学共用試験センター準備委員会」が設置され、薬学共用試験の実施母体を早期に設立することになりました。同時に、試験実施システムの要となるセンターサーバーの設置について、東京理科大学の協力が得られました。

平成18年の春から夏にかけて、「薬学共用試験センター準備委員会」において社会的に信頼される組織設立に向けた具体的検討・手続きが進められ、同年10月に「特定非営利活動法人薬学共用試験センター」が設立されました。